A história começa com Yggdrasil, um popular jogo online que um dia é tranquilamente encerrado. No entanto, o protagonista, Momonga, decide não fazer logout. Como consequência, Momonga é transportado para o jogo e transformado na imagem de um esqueleto como “o bruxo mais poderoso”. O mundo continua a mudar, com os NPCs começando a sentir emoções. Não tendo pais, amigos, ou lugar na sociedade, este jovem esforça-se, então, para dominar este novo mundo.